经1999年沈阳市试点成功后，中国“国家学生饮用奶”项目于2000年11月15日正式启动。国务院七个部委局（农业部、国家发展计划委员会、财政部、教育部、卫生部、国家质量技术监督局、国家轻工业总局）正式下发了《关于实施国家“学生饮用奶计划”的通知》和《国家“学生饮用奶计划”暂行管理办法》等重要文件，并联合成立了“国家学生奶计划部际协调小组”，下设“部际协调小组办公室”，在农业部办公。这标志着我国“学生饮用奶计划”开始进入全面实施阶段，并跨入世界实施“学生饮用奶计划”国家的行列。
七部委局通过构筑四道防线确保学生奶安全。一是将学生饮用奶定位于超高温灭菌奶(UHT)，即采用100％的鲜牛奶在特殊设备内经过137～150℃高温灭菌2～20秒，然后进行无菌包装，使产品在常温条件下保质期可长达6～8个月；二是要求定点企业要通过ISO9000质量管理认证或具有国际食品企业通行的HACCP(危害分析和关键点控制)管理系统，有稳定、优质的鲜奶原料基地，奶牛饲养达到规范化要求，卫生防疫体系健全，有完善、高效的配送和服务系统，从管理制度上保证质量和安全；三是要求定点企业必须向各级学生奶工作机构提交产品质量和安全承诺书，实施“学生饮用奶计划”的城市要与省级学生奶工作机构签订学生奶质量和安全责任状，从法律责任方面保证质量和安全；四是通过各级学生奶工作机构对定点企业实行动态管理，卫生、质检等政府部门对学生奶产品不定期抽检，形成对学生饮用奶的监管机制。定点企业必须建立起一套科学完善的管理制度，努力提高生产效率，降低成本，并指定专人负责，定期检查执行情况，及时解决存在的问题，确保学生饮用奶的质量安全。
2003年，为了从源头上保证学生奶质量安全，国家“学生饮用奶计划”部际协调小组办公室组织实施“学生奶奶源升级计划”。该计划借鉴国内外先进经验，探索、建立一套与国际接轨、符合中国国情的奶源管理体系和生产规范，建立示范基地，提高奶牛养殖者的技术素质、奶源管理水平和原料奶质量，为学生饮用奶提供充足的优质奶源和产品质量安全保证，对全国奶业生产发挥示范和辐射作用。该计划保证了国家“学生饮用奶计划”健康、顺利实施的基础性工作，确保了学生奶质量安全控制的关键点。实施“学生奶奶源升级计划”可以为学生饮用奶质量和学生饮奶安全提供更好的保证，等于给学生奶的质量和安全增加一道新的防线。通过这项计划的实施，可以示范和辐射全国，促进我国奶牛养殖水平的提高，进而促进整个奶业的发展。牛奶产量和质量普遍提高，消费者从中受益，农民也可进一步扩大养殖规模，增加收入。
国家“学生饮用奶计划”部际协调小组办公室强调加强监督，规范管理，抓紧抓好学生饮用奶质量安全工作。各级地方政府要加强监督、规范管理，坚决实行“谁审批、谁负责、谁监管”的原则；制定严格的学生饮用奶卫生和质量标准，继续实行学生奶定点生产企业进校准入的招投标制度；加大对学生奶生产、加工、配送各环节的监管力度。
国家“学生饮用奶计划”部际协调小组办公室还强调，要进一步强化危机意识，建立健全高效的安全预警和应急机制，确保妥善处理可能出现的突发事件。定点企业要从奶源、加工、储存、运输、配送和饮用等各个环节制定应急预案，建立产品可追溯检查与召回制度；学校要做好学生饮奶的安全教育，普及食品卫生知识，建立学校突发事件的应急预案；发生突发事件时，有关部门要在第一时间到达现场，迅速找出事件发生原因，妥善处理新闻报道事宜，在未弄清事实的情况下，防止失真报道与炒作。
